الجزيء هو جسيم من المادة الكيميائية النقية يحتفظ بتركيبها الكيميائي، وخواصها. علم دراسة الجزيئات يسمى كيمياء جزيئية'' أو فيزياء جزيئية ، اعتمادا على مجال الرؤية المعين. تهتم الكيمياء الجزيئية بالقوانين التى تحكم التفعلات بين الجزيئات التى ينتج عنها تكون أو تكسير للروابط الكيميائية، بينما تهتم الفيزياء الجزيئية بالقوانين التى تحكم بناء الجزيئات. وبصفة عامة، فإن الفرق بينها قد يكون غامض وصعب التحديد إلى حد ما.
و لتعريف الجزيئات بدقة، فإن الجزيئات يمكن أن تتكون من ذرة واحدة (كما في الغازات النبيلة) أو أكثر من ذرة مرتبطة معا. و يتم استخدام تصور الجزيء وحيد الذرة حصريا في نظرية الحركة للغازت. في علم الجزيئات يتكون الجزيء من نظام ثابت (حالة ترابط) تستوعب ذرتين أو أكثر. والمصطلح جزيء غير ثابت يستخدم للأنواع النشطة، أى الجسيمات التى لها عمر قصير (لها رنين) في الإلكترونات والذرات، مثل الجذور "Radicals", الجزيئات الأيونية, جزيء رايدبيرج (شاهد ذرة رايدبيرج), الحالات الإنتقالية، متراكبات فان ريد فال، أو الأنظمة التى يحدث فيها تجمع للذرات في تكاثف بوس-أينيشتين. كما يستخدم المصطلح جزيء بصفة خاصة كمرادف "للرابطة التساهمية"، وهذا نتيجة للحقيقة التى تنص على أن المركبات غير التساهمية, المركبات الأيونية لا تنتج ما يمكن تعريفه بدقة على أنه "الجسيمات الدقيقة" التى يمن أن تتلائم مع التعريفات السابقة.
و رغم أن مصطلح الجزيء تم استخدامه لأول مرة في عام 1811 عن طريق أفوجادرو، كان المصطلح مادة مفتوحة للنقاش في مجتمع الكيمياء حتى ظهور نتائج أبحاث بيرن في عام 1911. كما أن النظرية الحديثة للجزيئات قد استفادت كثيرا من التقنيات المستخدمة في الكيمياء الحسابية.
لمشاهدة قائمة بالجزيئات شاهد قائمة مركبات.

الرابطة الكيميائية
معظم الجزيئات صغيرة للغاية حتى يمكن رؤيتها بالعين المجردة، و لكن يوجد بعض الإستثناءات، فمثلا الجزيئات الكبيرة مثل جزيء DNA يمكن أن يصل للحجم المجهري.
أصغر الجزيئات حجما هو جزيء الهيدروجين. المسافة بين الذرية له تكون 1.5 Å. و لكن يصعب تحديد السحابة الإلكترونية بدقة. و تحت الظروف العادية يكون للجزيء بعد يتراوح من عدة إلى عدة عشرات من Å. وقد يوجد روابط اخرى مثل الرابطة المشتركة حيث الرابطة المشتركة تتكون من ثلاثة اقسام احداية ثنايئية ثلاثية والرابطة التساهمية

حجم الجزيء
"المعادلة الملكية" للجزيء هى نسبة الرقم الصحيح للعناصر التى تكون المركب. فمثلا في الشكل النقي للماء، دائما يتكون من 1:2 هيدروجين : أكسجين، كما أن الكحول الإثيلي أو الإيثانول جاما يتكون من الكربون، والهيدروجين, والأكسجين بنسبة 1:6:2. وعموما, هذا لا يحدد نوع الجزيء فمثلا داي ميثيل إثير له نفس النسبة الموجودة في الميثانول. وتسمى الجزيئات التى لها نفس عدد الذرات المكونة لها أيزومرات.

المعادلة الملكية
"المعادلة الكيميائية" تعكس الرقم الدقيق لعدد الذرات التى تكون الجزيء. ويتم حساب الكتلة الجزيئية من المعادلة الكيميائية في وحدات تساوى 12/1 من كتلة نظير ذرة C .